根据菊粉酶在微生物体内主要分布于细胞内、细胞壁和细胞外，分别称为胞内酶、胞壁结合酶和胞外酶，它们的比例主要受菌种、碳源、温度和pH的影响（Ettalibi等，1990）：l）随着温度的升高胞外酶比例下降，而其他两种酶比例上升；2）以菊粉或蔗糖为碳源培养微生物时，前者胞外酶比例高于后者，其他两种酶则相反；3）胞外酶主要由真菌合成，细胞壁结合酶主要产自酵母；4）适当的pH使细胞壁通透性增大，提高了胸外酶比例，其他两种酶比例下降。

根据作用底物方式的不同，或者说根据菊粉酶酶切果聚糖链方式分为内切酶（EC3．2．1．7）和外切酶（EC3．2．1．80）。通常用I/S的大小来区分内切型菊粉酶和外切型菊粉酶，I是以菊粉作底物时的酶活，S是以蔗糖作底物时的酶活。一般认为外切菊粉酶的I/S值比内切菊粉酶的US低。内切菊粉酶水解菊粉可以得到高纯度低聚果糖，常由真菌分离出来。外切菊粉酶在胞内、胞壁、胞外都有分布，它水解菊粉可以得到高纯度果糖。

根据来源菊粉酶可以分为微生物菊粉酶和植

。